- Отдел генезиса, географии, классификации и цифровой картографии почв
- Отдел государственного реестра почв
- Отдел генезиса и мелиорации засоленных и солонцовых почв
- Отдел агроэкологической оценки почв и проектирования агроландшафтов
- Межинститутский отдел по изучению черноземных почв
- Отдел физики, гидрологии и эрозии почв
- Отдел биологии и биохимии почв
- Отдел химии, физико-химии почв
- Лаборатория минералогии и микроморфологии почв
- Лаборатория почвенной информатики
- Лаборатория почвенно-ландшафтных исследований Нечерноземья
- Лаборатория почвенно-ландшафтных исследований пойменно-долинных комплексов
- Лаборатория почвенно-ландшафтных исследований лесостепной зоны
- Центр почвенных данных
- Научно-техническая библиотека
- Аналитический испытательный центр
- Производственно-эксплуатационный отдел
- Филиал "Центральный музей почвоведения им. В.В. Докучаева" (г. Санкт-Петербург)
- Филиал ВНИИМЗ