Межинститутский отдел по изучению черноземных почв был сформирован 01.12.2011 г. (приказ № 37 по основной деятельности института) на базе отделов и персонально сотрудников занимавшихся генезисом, картографией, агрохимией, земледелием, эрозией почв в зонах распространения черноземов, главным образом ЦЧО.
Это один из самых молодых отделов института, сформированный для продолжения фундаментальных исследований черноземов, оценки их современного плодородия, проблем деградации, связанных как с природными так и агротехногенными процессами.
Одной из главных задач является сохранение и восстановление плодородия черноземов на базе снижения антропогенного пресса: минимизация обработок, применение технологий агроландшафтного земледелия, использование сохраняющих черноземы от деградации севооборотов, регулирование мобильных физико-химических свойств с учетом минерального резерва и его использования культурными растениями, имеющими разную глубину и мощность корневой системы, применение агротехнологий интенсивно использующих сидеральные культуры, а также новых агрегатов, например, очесывающих жаток, сохраняющих биомассу на поверхности почв, защищая ее от развития эрозионных процессов.
Всестороннее изучение черноземов в институте всегда было приоритетным звеном в общей фундаментальной схеме работ с момента формирования Института. В последнее время с изменением климатических условий, усилением антропогенного пресса на черноземы, резко возросшими урожаями на ограниченных площадях, повышением кислотности, падением содержания гумуса, не сбалансированным азотно-фосфорным питанием и др. причинами, наметилась тенденция в усилении деградационных процессов, истощающих черноземы. Это требует проведения нового этапа фундаментальных исследований черноземов, направленных на снижение деградационных процессов и на этой основе модернизацию земледелия в черноземной зоне, используя разработанные почвосберегающие агротехнологии.